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Des contraintes financières ou le manque d'appui empêchent un grand nombre d'établissements de financer des programmes de zoothérapie. Aux États-Unis et au Royaume-Uni, des détenus ont appuyé le programme en organisant des activités de collecte de fonds, par exemple en faisant pousser des plantes, en toilettant des animaux que leur apportaient des membres de la collectivité ou en vendant les petits des animaux dont ils s'occupaient (Rosenblatt, 1976). Un programme de zoothérapie peut être très coûteux étant donné qu'il faut tenir compte du salaire des entraîneurs et du coût du matériel et de la nourriture.